Pe 20 iunie 404, Sfântul Ioan Gură de Aur – pe atunci arhiepiscopul Constantinopolului – părăsea în mare taină capitala bizantină. Cum de s-a ajuns aici? Prin ce împrejurări un păstor și un predicator de acest calibru sfârșește în exil? A fost ceva adevărat în țesătura de acuzații care i s-au adus? Iată întrebări care necesită explicații îndelungi. Să reținem totuși că întreaga acțiune a fost orchestrată de Teofil, arhiepiscopul Alexandriei, principalul său oponent (care avea o altă propunere pentru scaunul episcopal din capitală). Din nefericire, palatul a trecut și el de partea episcopilor intriganți, iar faptul acesta s-a văzut cel mai bine la sinodul ilegal de la „Stejar” din 403. Cu această ocazie au fost rostite (și scrise) zeci de acuzații la adresa lui Ioan Gură de Aur, toate false și tendențioase. (Și cum istoria e uneori mai corectă decât am crede, prin Fotie ni s-au păstrat toate aceste documente, tocmai pentru a le putea studia ingratitudinea)
În cele din urmă, împăratul Arcadius, în urma unor presiuni și dezinformări, a dat ordin ca arhiepiscopul să plece din Constantinopol. Astfel începea lunga cale a celui de-al doilea exil al marelui episcop, exil din care nu se va mai întoarce. Şaptezeci de zile istovitoare şi chinuitoare a durat drumul până la destinație, Cucuzul Armeniei, timp în care, în ciuda oboselii, crie totuşi 11 scrisori în care descrie greutăţile călătoriei. Aflăm astfel, din scrisoarea adresată unei credincioase din Constantinopol, pe nume Teodora, că traversarea Capadociei este un adevărat coşmar: „Sunt istovit, cu totul sleit de puteri, mii de morţi s-au năpustit asupra mea. Răvăşit de puseuri continue şi, totuşi, obligat fiind să merg zi şi noapte, sunt cuprins rând pe rând de căldură şi de frig, lipsit de somn şi de lucrurile cele mai necesare, şi nu am pe nimeni care să îmi vină în ajutor.”
La capătul celor şaptezeci de zile istovitoare, Ioan Gură de Aur ajunge în cele din urmă la Cucuz, în Armenia. Cele 115 scrisori alcătuite în primele luni (din septembrie până în decembrie 404) ale şederii sale în această localitate cu totul izolată ne arată că episcopul se simţea aici ca la marginea lumii: „Ajuns la ultimele hotare ale universului (…), stau în Cucuz, locul cel mai pustiu din toată lumea” (Scris. 37, Către episcopul Evloghios); singurătatea pe care o resimte aici este apăsătoare: „Există oare o singurătate mai îngrozitoare decât aceasta din Cucuz?” (Scris. 110, Către episcopul Bassus). De aceea, în „locul părăsit, dar plin de tâlhari” în care se găseşte, afecţiunea prietenilor săi este cea mai de preţ „comoară pentru inimă” (Scris. 112, Către episcopul Teodor). Cu toate acestea, aici se poate odihni într-adevăr după ce a fost realmente „la porţile morţii” (Scrisori către Olimpiada, a VI-a), îşi poate îngriji „oasele sale sfărâmate, carnea sa învineţită”. Şi, cum se bucură, în sfârşit, de linişte şi de odihnă, nu mai are decât o singură idee, aceea de a nu se mai mişca din Cucuz, căci se apropie iarna lui 405 (Scris. 193, Către Paeanius), deşi singurătatea îi dădea neîncetat târcoale. Starea lucrurilor se înrăutăţeşte însă odată cu venirea iernii extrem de geroase, fiind agravată şi de faptul că nu putea primi vizite şi că îi era interzisă sau cel puţin restricţionată corespondenţa, dar şi de boala persistentă: „Noapte sau zi – mi-era indiferent; totul mi se părea întunecat şi negru şi eram ţintuit la pat. Nu puteam scăpa de răul pe care mi-l provoca frigul apăsător. Am trecut prin cele din urmă suferinţe” (Scrisori către Olimpiada, a IX-a).
Urmează ani grei de privațiuni, suferințe și singurătate. În vara anului 407, primeşte ordinul de a părăsi Cucuzul, fiindu-i desemnat un nou loc de exil, undeva pe coasta orientală a Mării Negre. Îmbătrânit, bolnav și slăbit, pornește din nou la drum, însă nu va ajunge niciodată la destinaţie. Se stinge pe drum în mica localitate Comana, la 14 septembrie. Potrivit lui Paladie, ultimele sale cuvinte au fost: „Slavă lui Dumnezeu pentru toate!” – exclamație care exprimă atât de bine viața și gândirea lui Ioan Gură de Aur.