În iulie 1536, în drumul lui spre Basel, Calvin s-a oprit pentru o noapte la Geneva. Sub impulsul lui Guillaume Farel (1489-1565), evanghelizator al Elveției (actuala Elveție francofonă) din 1524, consiliul orașului și-a afirmat în luna mai adeziunea la Reformă prin abolirea unei părți a riturilor catolice (slujba) și prin plasarea Sfintei Scripturi mai pre-sus de orice altceva. Farel l-a rugat apoi pe Calvin să rămână și să continue evanghelizarea Genevei: “[Farel] a ajuns la o imprecație, că ar fi plăcut lui Dumnezeu să-mi blesteme odihna și liniștea studiilor pe care le căutam, dacă într-o nevoie atât de mare mă retrag și refuz să dau ajutor și asistență”, a mărturisit el (“Prefață la Comentariile la Psalmi”, în Œuvres, p. 114). În toamna anului 1536, a fost numit mai întâi lector de Sfânta Scriptură, adică profesor, iar câteva luni mai târziu a devenit pastor al Bisericii din Geneva. Alături de el se afla Mathurin Cordier (1479 sau 1484-1564), un mare învățător și fost profesor al lui Calvin la Collège de la Marche, care a fost și el cucerit de ideile Reformei.
Această numire a adus o schimbare în statutul lui Calvin: era acum responsabil de îngrijirea sufletelor unei populații eterogene, a cărei educație va trebui să o asigure. Simplificarea mesajului său a fost esențială și, mai ales, a trebuit să adopte franceza ca limbă de exprimare, renunțând la dialectul local. În acest scop, el a scris o Instrucțiune de credință pentru a fi folosită în Biserica din Geneva, urmată de o Mărturisire de credință scrisă de Farel. Doi ani mai târziu, judecați prea zeloși și prea stricți și pentru că au refuzat prea mult supravegherea de stat a Bisericii – opunându-se astfel unei părți a consiliului orașului condus de libertini, dornici să păstreze o putere seculară puternică după emanciparea de sub supravegherea prințului-episcop de Geneva –, Farel și Calvin au fost expulzați din oraș la Paștele din 1538, în timp ce Cordier a plecat la Neuchâtel.
(Fragment din Jean Calvin, de Aude Cirier, trad. Alina Dobre, 50minutes.com)